Ο ναός θεμελιώθηκε το 1956 στη θέση του βυζαντινού ναού του Αγίου Υπατίου. Στο ναό του Αγίου Υπατίου, άγνωστο το πώς και το πότε, προσφέρθηκε η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Ελεούσης, πιστό αντίγραφο της ομώνυμης εικόνας του Κύκκου της Κύπρου, την οποία η παράδοση θέλει να την έχει ιστορήσει (αγιογραφήσει) ο Άγιος Ευαγγελιστής Λουκάς.
Η προφορική παράδοση θέλει η εικόνα να μεταφέρεται από έναν μοναχό ή ορφανό πατρός νέο, ο οποίος ύστερα από όνειρο να την τοποθετεί σε ναό δεξιά όπως εισέρχεται κανείς στην πόλη της Θεσσαλονίκης από τη θύρα των ανατολικών τειχών! Έτσι, σύμφωνα πάντα με την παράδοση, η Εικόνα ονομάστηκε Παναγία Δεξιά.
Άλλη παράδοση λέει πως η ονομασία «Δεξιά» οφείλεται στο ότι η Θεοτόκος εικονίζεται Δεξιοκρατούσα, φέρει δηλαδή τον Ιησού στο δεξί της χέρι, ενώ η πιο συνηθισμένη αγιογράφησή της είναι να φέρει το θείο Βρέφος στο αριστερό της χέρι.
Σύμφωνα πάλι με μια τρίτη εκδοχή, η Θεοτόκος ως κατ’ εξοχήν μεσίτρια, είναι Εκείνη που δέχεται τις ικεσίες και τις παρακλήσεις όλων μας, είναι δηλαδή Παναγία Δέξα. Σ’ αυτή την τελευταία προφορική παράδοση βασίστηκε κι ο πεζογράφος Νίκος Γαβριήλ Πεντζίκης στο βιβλίο του «Μητέρα Θεσσαλονίκη» και μνημονεύει την Εικόνα της Παναγίας ως «Δέξα». Η Παναγία Δεξιά στη συνείδηση των Θεσσαλονικέων είναι η Μάνα Παναγιά, μεσίτρια και διασώζουσα, φωτοδόχος λαμπάδα!